对于大多数肾结石患者而言，结石可以经过治疗后完全消失，对生活和生命不构成影响，只有个别结石才可能造成严重的后果，这类结石只是见于一些特殊的情况，如双侧肾结石、功能性或解剖性孤立肾结石阻塞造成尿路急性完全梗阻，可以出现无尿和急性肾后性肾功能不全的表现，如水肿、恶心、呕吐、食欲减退等，出现上述情况需紧急处理，引流尿液。
单侧肾结石造成的慢性梗阻常不引起症状，长期慢性梗阻的结果可能造成患者肾积水、肾实质萎缩。孤立肾和双侧病变严重时可发展为尿毒症，出现贫血、水肿等相应临床症状。此外，结石合并感染，感染严重时可造成败血症，出现发热症状，需要引起高度重视，建议及早进行抗感染引流、尿液处理，以预防全身严重感染的发生。