沙眼的治疗包括全身和眼睛局部用药治疗，局部使用眼药水或者眼药膏治疗，全身用药可口服抗生素治疗，必要时需手术治疗。
一、药物治疗
1、四环素：广泛用于衣原体等感染，急性期或严重炎症性沙眼的患者可口服四环素。7岁以下儿童和孕期妇女忌用四环素，避免产生牙齿和骨骼损害。
2、阿奇霉素：阿奇霉素可用于男女性传播疾病中由沙眼衣原体所致的单纯性生殖器感染，在治疗沙眼衣原体病中是有效的。阿奇霉素没有严重的副作用，6个月以上的儿童可以使用，但孕期禁用。
3、红霉素：属于大环内酯类抗生素，属于快速抑菌剂，对沙眼衣原体具有强大的抗菌作用，局部常用药物为红霉素眼药膏。孕妇和哺乳妇女宜慎用，对大环内酯类药过敏者禁用。
4、磺胺类药物：对衣原体有抑制作用，可缓解沙眼症状。
二、手术治疗
针对沙眼并发症进行手术治疗，如睑内翻者行睑内翻矫正术，慢性泪囊炎者行鼻腔泪囊吻合术，角膜混浊者行角膜移植术。