新生儿化脓性脑炎和病毒性脑炎有共同的后遗症，后遗症几率较大。当化脓性脑炎治疗时间过长或感染症状过重，治疗不好时，脑细胞的不可逆损伤会引起后遗症，如癫痫、精神障碍、动作障碍，包括偏瘫和脑积水。
为防止后遗症的发生，疑似脑炎患者应尽快到医院就诊，到正规医院进行治疗，可及时进行腰椎穿刺和头部MRI检查查找病因，及时给予对症治疗，可预防后遗症的发生。