1、血液检查：若直肠炎伴出血，可见贫血、白细胞计数增加、血沉加快和C-反应蛋白增高。
2、粪便检查：慢性直肠炎显微镜下观察粪便可见红细胞和脓细胞，若为急性发作期还可见巨噬细胞；还可以通过粪便病原学检查以检查有无结核杆菌，以诊断是否为结核性直肠炎。
3、结肠镜检查：结肠镜检查是目前诊断大肠疾病最直接和最准确的方法，慢性直肠炎可见直肠黏膜血管纹理模糊紊乱、充血、水肿。但有一定的并发症发生风险，如出血、穿孔等。结肠镜检查前通常需要清洁肠道。
4、直肠指检：直肠指诊时若出现直肠剧烈触痛，常因肛裂及感染引起。慢性直肠炎患者指诊后指套表面带有黏液、脓液或血液，应取其涂片镜检或作细菌学检查，再一步做结直肠镜检查。