淋巴细胞减少症常因感染出现发热，需与结核感染、感染性心内膜炎和病毒感染等感染性疾病引起的发热进行鉴别。
1、结核病：结核感染临床表现为、咳嗽、寒战和低热，且有结核杆菌接触史，可根据结核杆菌核酸检测进行鉴别
2、感染性心内膜炎：本病患者可有器质性心脏病、心脏杂音、周围动脉栓塞、皮肤粘膜瘀点、贫血和脾大等表现。可根据临床表现进行鉴别。
3、病毒感染：病毒感染常表现为长期发热，有自限性，但病程迁延，常为5~8周，血液检查可见血淋巴细胞比例显著增加。重者可有肝功能异常、横纹肌溶解和肾功能异常等表现。