脑炎做腰穿是为了通过化验脑脊液、生化病原学等，以明确脑炎脑膜炎性质，协助诊断治疗，可能出现后遗症，但概率非常低。腰穿时穿刺针由皮肤、皮下软组织、棘间肌、椎间隙硬膜到达硬膜下腔，比较常见的意外有出血、感染、蛛网膜粘连，麻醉药过敏，损伤马尾神经引起大便失禁。因为腰穿针很细，并且腰穿要求流出脑脊液就不再进针，所以即使对临近组织造成损伤也不会很严重，一般能自行恢复，所以出现后遗症的概率非常低。