先天性血小板功能异常的病因主要是血小板的膜糖蛋白、膜骨架、血小板内功能相关颗粒、发挥凝血功能的信号传导和分泌等血小板发挥功能的各个环节出现问题，从而导致血小板功能失效，好发于近亲婚配家庭的子女。
患者体内的血小板与正常人不同，由于发生了与血小板蛋白质功能相关的基因发生突变，导致血小板膜糖蛋白(GP)异常、血小板膜骨架异常、血小板颗粒异常、血小板促凝活性异常、血小板信号传导和分泌异常等血小板功能相关部位的改变或缺失，从而导致血小板功能的异常或丧失。MYH9相关综合征是位于第22染色体上的MYH9基因发生错义突变、无义突变、小片段缺失或大片段缺失。血小板无力症(GT)是位于17号染色体的GPⅡb基因与GPⅢa基因发生基因突变，包括替代、缺失、插入等造成的错义、无义或移码突变，其中GPⅡb和GPⅢa是用于血小板粘附必须的膜板蛋白，如若基因编码错误，血小板蛋白结构异常，则血小板无法粘附，无法发挥凝血功能。巨大血小板综合征(BSS)是编码GPⅠbα、GPⅠbβ、GPⅨ的结构基因上发现的缺陷包括碱基缺失、误义突变、无义突变和框移突变等。