变异型预激综合征本身不引起症状，治疗主要是对于并发快速心律失常的患者，其除药物治疗外，如应用普鲁卡因胺、普罗帕酮等，经导管射频消融术为首选，如出现快速性心律失常时，也可进行电复律治疗，其治疗周期短，1周左右出院。
一、药物治疗
药物治疗主要是针对并发的心律失常来进行治疗：
1、如并发正向房室折返性心动过速，可以选择腺苷或维拉帕米静脉注射，也可选择普罗帕酮、胺碘酮等.
2、如并发房颤或房扑时，可选择延长房室旁路不应期的药物，如普鲁卡因胺或普罗帕酮。应当注意的是，静脉注射利多卡因与维拉帕米会加速预激综合征合并房颤患者的心室率，故不宜使用，同时洋地黄制剂缩短旁路的不应期使心室率加快，因此不应单独用于曾经发作房颤或房扑的患者。
二、手术治疗
1、预激综合征的外科治疗：在导管射频消融术未开展前，对预激综合征进行外科治疗，切断或用无水酒精注射或局部冷冻旁路，取得了较好的疗效，治愈率为80%。但是外科手术法由于创伤大，难以广泛应用，已被导管射频消融术所取代。仅在某些特殊情况下，例如伴有预激综合征的先天性心脏病或后天性心脏病需要手术者，可考虑同时行外科手术法治疗预激综合征。
2、预激综合征的导管射频消融治疗：预激综合征经导管射频消融的适应证：药物治疗无效或病人不能耐受，或不愿长期服用抗心律失常药物控制上述心律失常者；心房颤动或其他快速房性心律失常伴旁路前传所致快速心室率患者；电生理检查或消融治疗其他心律失常过程中证实的房室折返性心动过速，或心房颤动伴旁路前传所致快速心室率患者；无症状的预激综合征患者；心房颤动伴有旁路前传,但心室率不快；患者有家族心源性猝死史；药物治疗有效并能耐受其治疗的房室折返性心动过速患者。射频消融安全性高，射频消融的成功率可达90%以上。
3、植入型心脏复律除颤器：当药物治疗无效或导管射频消融失败时可考虑应用植入型心脏复律除颤器。
三、其他治疗
当变异性预激综合症出现快速性心律失常，其导致低血压、心绞痛等明显血流动力学障碍时，可以立即进行电复律或电除颤治疗，以促使血流动力学快速恢复正常。