家族性结肠息肉是遗传病，治疗总体遵循及时、积极、理性、综合、个体化等原则。通过药物、健康教育、饮食调理等治疗。治疗一般采取内镜下和外科手术方式，同时以药物进行辅助治疗。
一、药物治疗
1、家族性结肠息肉治疗的药物主要是环氧化酶-2(COX-2)的非选择性和选择性抑制药，即舒林酸和塞来昔布。 
2、长期低剂量服用非甾体类药物，具有明显减少大肠息肉发生的功效。
二、手术治疗
1、内镜下治疗：一般对早期单个或者多个息肉，内镜下可以切除，息肉要完整切除，做一个病理检查。如果病检证实癌变，还有外科干预，需补做手术。
2、外科手术：对多发息肉可疑癌变或者大肠、全结肠息肉的患者，推荐手术治疗。手术的方式也有两类，一种是常规开腹手术，即大肠部分切除或者全结肠切除；另一种是腹腔镜手术，属于微创，患者术后功能恢复较快，手术过程也是腹腔镜下部分肠管切除或者全结肠切除。
三、其他治疗
运动治疗：在医师的指导下，根据病情严重程度和身体耐受程度，制定针对性运动治疗方案，以增强体质，提高免疫力。