新生儿低血糖症状早期一般无特殊症状，严重者可出现少动、尖叫、喂养困难、低体温、惊厥、昏迷、呼吸抑制、呼吸暂停等，本病可合并出现脑组织损伤、酮症。
本病主要表现包括轻至重度的意识改变，如嗜睡或昏迷、兴奋性高、刺激无反应，常随摄入葡萄糖很快逆转。疾病程度取决于低血糖持续时间及发生频率，严重者可发生低血糖脑病，表现为少动、尖叫、喂养困难、低体温、惊厥、昏迷、呼吸抑制、呼吸暂停、青紫及肌张力降低，最严重者见于严重持续低血糖晚期，尽管提供外源性葡萄糖使血糖正常，临床症状及体征也很难快速恢复，多有神经系统后遗症。