肠痉挛的发病机制尚不清楚，可能与肠道气体产生过多，肠道动力增高，食物过敏等多种因素有关。临床观察中发现，很多肠痉挛患儿有排气增多现象，或在排气后哭闹缓解，考虑消化不良致肠道气体产生过多是肠痉挛主要原因。
一、主要病因
1、胃肠道因素：
（1）肠道气体产生过多。由于不正确的喂养方式、病理性吞气症等可吞入异常多的气体。摄入不易消化的碳水化合物、双糖酶缺乏或小肠细菌过度繁殖时，食物发酵产气过多。肠内气体是通过暖气、肛门排气、气体弥散人血以及细菌消耗等途径消散，肠道气体过度增加，可出现暖气、腹鸣、胀气和腹痛等症，使婴儿出现过度哭吵。
（2）肠道动力增高。有研究发现过度哭吵儿的胃排空快，而且存在其他胃肠道和喂养问题。有人报道了一组消化不良、有类似肠痉挛症状的患儿中存在结肠蠕动增快和直肠压升高。
2、饮食因素：一些研究显示,母乳喂养儿发生肠痉挛与母亲饮用牛奶有关，食物过敏可能是肠痉挛发生的一个原因。牛奶蛋白不耐受(CMIP)可表现为哭吵，在所有哭吵患儿中约6%存在CMPI。当婴儿改用豆奶或水解酪蛋白奶方时，肠痉挛好转。
二、诱发因素
1、母乳：哺乳期婴儿母亲饮食不加控制，食用一些易致敏的食物，会诱发婴儿过敏，进而发生肠痉挛。
2、喂养习惯：如果给婴儿喂食不规律，引起消化不良，可导致腹部胀气进而发生肠痉挛。不正确的喂养姿势也可能导致婴儿吞入过量空气，从而引起腹胀。