小儿亚急性感染性心内膜炎常见的致病菌主要有草绿色链球菌感染，这种致病菌是最常见的，其次为d组溶血性链球菌，包括牛链球菌和肠链球菌，还有表皮葡萄球菌。这些致病菌可以感染全身各处的部位和皮肤，当身体抵抗力低时，特别是小儿身体抵抗力低，就会经血行进入心内膜，从而导致小儿亚急性感染性心内膜炎的发生。所以一旦出现身体其他部位的感染，就要积极治疗，以免致病菌进入心内膜，导致小儿亚急性感染性心内膜炎的发生。