重症手足口病，如果出现抽搐，需要及时止惊，如果患儿有静脉通路，可以静脉注射地西泮，如果没有静脉通路，可以肌肉注射米达唑仑，也可以用水合氯醛灌肠止惊，同时保持呼吸道通畅。重症病例可出现脑水肿，肺水肿，急性心功能衰竭，应该控制液体入量，给予生理需要量的液体。出现脑水肿时可以用甘露醇来降颅压治疗。重症病例也可以使用静注丙种球蛋白以及糖皮质激素治疗。另外有呼吸障碍的时候，也可以使用机械通气治疗。