蛋白酶能催化蛋白质水解，有效分解蛋白质。蛋白酶的种类很多，常用的有胃蛋白酶、胰蛋白酶、组织蛋白酶、枯草杆菌蛋白酶、木瓜蛋白酶、菠萝蛋白酶等。如胃蛋白酶能在胃酸参与下使凝固的蛋白质分解，用于胃蛋白酶缺乏或消化功能减退引起的消化不良、食欲缺乏。胰蛋白酶使变形蛋白水解成多肽或氨基酸，增加组织通透性，抑制水肿和血栓周围的炎症反应，溶解血凝块、渗出液、坏死组织，分解痰液、脓液等粘性分泌物，用于坏死性创伤、溃疡、血肿、浮肿及炎症等的辅助治疗，也用于治疗多种眼部炎症、出血性眼病、眼外伤等，还可用于毒蛇咬伤，使毒素分解破坏。菠萝蛋白酶有抗水肿和抗炎作用，用药后能加强体内纤维蛋白的水解作用，将阻塞于组织的纤维蛋白及血凝块溶解，用于术后感染、骨关节急性发炎、乳腺炎、腮腺炎、慢性血栓静脉炎等。