目前尚无特效治疗秋季腹泻措施，根据不同的临床表现和实验室检查，以口服补液盐或静脉补液，纠正脱水和电解质紊乱和酸碱失衡为主。其他治疗措施包括饮食疗法、补锌治疗和并发症的处置。
一、一般治疗
根据脱水严重程度给予不同的补液方法：
1、口服补液：口服补液盐是针对急性感染性腹泻有效，且性价比较高的支持性治疗手段。强烈推荐用于预防脱水和治疗轻度、中度脱水。
2、静脉输液：重度脱水和新生儿中重度腹泻患儿均推荐静脉补液，重度脱水或休克需液体复苏时应用含碱的糖盐混合溶液。
3、鼻饲管补液：推荐应用于无静脉条件、无法口服摄入或精神正常但状态较弱的中度脱水患儿。
二、药物治疗
1、口服补锌治疗：世界卫生组织指出锌补充剂可以降低腹泻的持续时间和严重程度，减少腹泻的复发。推荐给6月龄到5岁的儿童给予锌补充剂，生活在缺锌地区和营养不良的儿童为主要获益对象。
2、益生菌：益生菌可以一定地减少病程严重程度和持续时间，对病毒导致的水样腹泻具有显著效果，推荐在疾病早期给予益生菌治疗，如双歧杆菌、嗜酸乳杆菌等。
3、适当选取胃肠黏膜保护剂：蒙脱石散可缩短腹泻病程，减少排便量，提高治愈率。
4、抗分泌药物：抗分泌药物，如消旋卡多曲可有效缩短腹泻病程，减少排便量和排便次数，可考虑作为口服补液或静脉补液的辅助治疗。
5、退热药：必要时使用退热药，如患儿有肠道内外并发症，酌情对症支持治疗。
6、止吐药物：如苯海拉明、昂丹司琼等。
三、手术治疗
秋季腹泻无需手术治疗。