月经第三天没了是否可以查激素六项要分情况，检查激素六项是为了了解卵巢功能，不同的月经时间检查激素水平有不同的临床含义。一般如果需要检查卵巢的储备功能，常在月经的1-3天，这时不管月经是否没了，检查都表明卵巢储备功能的好坏。所以如果需要查储备功能，一定在月经的1-3天。
如果查卵巢的黄体功能，在1-3天检查就没有意义。如果是闭经的女性检查激素，常是随时检查的，因为所要看的是当时的激素情况。总之激素检查有其时间性，此时不管是否阴道出血，只要时间对检查的结果就可靠。