做了巧克力囊肿手术之后，囊肿并不是百分之百会复发的，术后复发与子宫内膜异位症的分期有关，重度内异症患者复发率较高，术后巧克力囊肿的总体复发率在60%-70左右，但是手术后辅助以药物治疗，比如口服短效避孕药、注射GnRHa类药物4-6针等药物抗内异治疗，均可以使得巧克力囊肿手术后的复发率可以明显下降，复发率可下降到30%-40%左右。