小儿肠吸收不良综合征无明确治疗周期，其治疗原则为针对病因治疗，纠正营养缺乏和使用必要的代谢疗法。主要包括停用不耐受饮食、补充缺乏的消化酶、细菌感染可酌情使用抗生素；应用高热量、高蛋白、低脂肪食物；补充维生素和微量元素。
一、病因治疗
停用不耐受的饮食：如乳糖吸收不良者停止进食含乳糖的食物。
二、药物治疗
1、补充缺乏的消化酶，如乳糖吸收不良者用乳糖酶，胰腺功能不全者用胰酶。
2、细菌感染所致的慢性肠炎可酌情使用抗生素，另可适当使用微生态制剂。病因除去后，症状多数可缓解。
3、补充必须的维生素、无机盐和微量元素。
三、手术治疗
此病一般无需进行手术治疗。
四、营养治疗
原则上应用高热量、高蛋白、低脂肪食物。重症者往往厌食、消化吸收功能差，进食的食物和药物常完整地从粪便中排出。此时可先用肠道外营养，症状好转后可改为要素饮食口服，即应用易消化或已半消化的食物。如脂肪用中链三酰甘油，糖用麦芽糖糊精或葡萄糖制成，蛋白用水解蛋白或氨基酸制成。少量多餐，逐步递增，循序渐进。目前有不含乳糖的奶粉及水解蛋白要素饮食。