小儿后尿道瓣膜的病因可能是先天发育畸形所导致的，后尿道瓣膜通常位于前列腺尿道的远端。瓣膜为黏膜皱摺形成，外形像一层很薄的膜。尿道黏膜皱襞肥大、粘连或发育异常，突入尿道腔内，所致的尿流排出障碍性疾病。本病好发于男童，可能与感染因素、妊娠因素、发育因素有关。
一、主要病因
1、Ⅰ型后尿道瓣膜病因目前尚不明确，可能是由于中肾管异常插入原始泄殖腔所致。正常中肾管由侧面进入泄殖腔，当泄殖腔内折分离肛门直肠管和尿生殖窦时，中肾管开口向后正中移位并最终开口于精阜处。
2、Ⅱ型小儿后尿道瓣膜由于中肾管插入泄殖腔位置更靠前，导致内折时中肾管移位受阻，与中线前融合形成瓣膜。
3、Ⅲ型后尿道瓣膜的形成与尿生殖膜的不完全吸收有关，可依膜的弹性及小孔的位置而有不同的表现。
4、精阜下瓣膜，两侧黏膜撂枸开始于精阜远端并延伸至前外侧膜部尿道的近侧缘，两侧在中线汇合，仅留一孔隙。后尿道瓣膜的出现是和午非氏管的发育异常有关，如午非氏管进入后尿道璧缺乏完整性，午非管原始孔进入泄殖腔位置异常或午非管尾端演进不正常。
5、由于尿路梗阻，膀胱内压升高使膀胱壁逐渐扩张，甚至出现松弛，膀胱功能改变是患儿尿失禁的主要原因。
二、诱发因素
1、感染因素：小人后尿道瓣膜多于孕妇在妊娠期感染病毒、细菌或其他病原体引起。
2、妊娠因素：孕妇在妊娠期接触有毒有害化学物品，如酒精、药物、农药、有害气体、有毒有害重金属等，新生儿易得小儿后尿道瓣膜。
3、发育因素：胚胎时期正处于快速发育的阶段，如果发育过程中由于某些因素导致发育异常，就会造成此疾病。