小儿先天性面肌双瘫综合征的症状相对典型，主要以面部症状为主，还可出现智力相对低下的表现。可也导致多发性畸形、角膜炎、智力低下等并发症。
1、双侧面瘫：可以是完全的或不完全的，表现为面部无表情运动，鼻唇沟浅、圆口、口唇音不清。幼儿期吸吮、喂养困难，儿童期可有口角流涎，食物残留在颊部等现象。还有眼轮匝肌无力、下睑外翻、泪液蓄积于下穹窿、兔眼，暴露性角膜炎。
2、双眼外转受限：双眼外转均不超过中线，不能做水平扫视运动，当看左或右侧目标时必须转动头位，但垂直运动及Bell现象正常。
3、眼位：多数病例呈内斜位，少数病例第一眼位可为正常。辐转可正常或有缺陷，集合时瞳孔收缩正常。
4、其他颅神经障碍：舌下神经受损害表现为舌麻痹、舌萎缩变小，典型者变尖、有沟裂、舌下神经运动根受影响表现为咬合无力、软腭运动缺陷、异常发音和语言发育迟缓。
5、其他发育异常：可见小颌畸形、多指(趾、短指、畸形足、血管瘤、胸肌、腓骨肌萎缩、乳腺缺如、耳聋等，同时还可以有智力低下的现象。