小儿大动脉转位的发生主要由遗传和环境因素及其相互作用所致。据目前了解，由单基因和染色体异常所导致的各类先天性心脏病约占总数的15%左右。本病好发于母亲孕期有相关危险病因所分娩的新生儿，可由抗癌药、抗癫痫药、毒品、酒精等诱发。
一、主要病因
病因迄今尚未完全明确，多数认为目前由多基因和环境因素共同作用所致，与心血管畸形相关性较强的因素主要为：
1、早期宫内感染，如风疹、流行性感冒、腮腺炎和柯萨奇病毒感染等。
2、孕母有与大剂量的放射线接触和服用药物史，如抗癌药、抗癫痫药物等。
3、孕妇代谢紊乱性疾病如糖尿病、高钙血症等。
4、引起子宫内缺氧的慢性疾病。
5、妊娠早期酗酒、吸食毒品等。
二、诱发因素
抗癌药、抗癫痫药、毒品、酒精等均可诱发基因突变，从而导致胎儿心血管系统发育畸形。