睡眠过程中，半夜三点钟总是醒来，原因包括抑郁症和心、肺功能疾病等方面。具体如下：
第一，抑郁症：可能患者患有抑郁症，抑郁症有多种睡眠障碍的模式，其中最常见的是早醒，所以经常性的早醒要考虑是否得了抑郁症。
第二，心、肺功能疾病：心、肺功能疾病的特点，往往是在睡眠当中会有急性发作，使人在睡眠当中突然惊醒过来，而且短时间内无法迅速入眠。
第三，消化道疾病：很多病人存在反流性食道炎，在夜间睡眠的时候会引起食道反流，而导致咽痛、咳嗽等症状，而使病人惊醒。
第四，睡眠障碍：还有一些重要的睡眠行为障碍，比如夜间梦魇、夜惊，以及夜间肢体抖动等症状，都会干扰到睡眠。
如果夜间经常性地出现早醒，而且严重地干扰到第二天的工作和生活，希望这样的人群尽快到医院做详细的检查。