分离性遗忘症是由于应激而造成的心理障碍，临床上主要通过心理干预治疗。在治疗过程中，应以恢复患者的信心为主，鼓励患者回忆并弥补缺陷，一般需要治疗半年左右。
一、药物治疗
可以辅用苯二氮草类镇静催眠药来帮助患者稳定情绪，如地西泮，具有抗焦虑、镇静、催眠的作用，无明显不良反应，大多患者适用。
二、手术治疗
分离性遗忘症多无手术治疗的方式。
三、心理治疗
1、认知疗法：认知疗法可能对经历创伤障碍的个体有独特的优势，识别创伤基础上的认知扭曲可能为失忆患者提供进入自己记忆的可能，当患者能够纠正认知扭曲特别是认识到既往创伤的意义，唤起回忆可能就开始了。
2、催眠治疗：催眠可以治疗分离性遗忘症，尤其催眠可以控制、调节症状的强度，便于控制唤回的分离性记忆，同时在催眠中唤起患者既往的资源，给患者提供心理支持和自我强化，最终促进分离性记忆整合到现实中。另外，患者可以通过学习自我催眠，应用既往的正性资源，在日常生活中宽容与平和自我，这样可以增加患者控制症状侵人和把控遗忘的能力。
3、集体心理治疗：短期或长期的集体心理治疗有助于创伤后应激障碍和童年遭受虐待的患者。通过集体心理治疗，患者可能会恢复他们已经遗忘的记忆，然后重新建构整合分离的记忆。