卵巢早衰主要与三个原因有关：一是遗传因素，最为常见的是X染色体异常和基因突变等。患者一般同时伴有第二性征发育不良。二是免疫学因素，患者可能同时患有系统性红斑狼疮，干燥综合征，类风湿关节炎等，是由于体内产生了攻击自身组织的抗体，导致组织受损。三是全身性疾病。患有严重的贫血，甲状腺疾病的患者也容易发生卵巢早衰。