偏头疼是发作性疾病，在偏头疼发作时首选非甾体抗炎药进行止疼治疗，比如对乙酰氨基酚、布洛芬、萘普生等药物，一般在2个小时之内头疼症状便可缓解。
如果药物效果不好，可以选择麦角类，或5-羟色胺激动剂，比如曲普坦类、舒马曲坦、佐米曲坦等。如果患者比较烦躁，还可以使用镇静安眠药治疗。如果患者伴有恶心、呕吐，也可以选择止吐剂进行治疗。
严重的偏头疼患者还可以使用糖皮质激素进行治疗。对于频繁发作或者每周发作一次以上严重影响日常生活和工作时，患者还可以使用预防性药物，比如β受体阻滞剂、抗抑郁药、抗癫痫药、钙通道阻滞剂等。