造成眼睛不在同一水平线上的原因比较多，可能有眶壁骨折、甲状腺相关性眼病等原因。患者需要在医生指导下，根据不同的病因进行矫正治疗。
1、眶壁骨折：眶壁骨折可引起眶内软组织嵌顿在骨折处或疝入到鼻窦内，造成眼球内陷或移位，导致眼睛不在同一水平线上。可以通过鼻内镜下眶壁骨折修复手术、鼻外入路进行修复手术等方法进行矫正治疗；
2、甲状腺相关性眼病：甲状腺相关性眼病可能会存在眼球突出、眼睑退缩和眼球运动障碍等症状，眼球突出可能导致眼睛不在同一水平线。患者可以在医生指导下使用甲巯咪唑片、丙硫氧嘧啶片等抗甲状腺药物进行矫正治疗，还可以使用玻璃酸钠滴眼液滴眼等药物，有助于缓解上述情况。