藿香正气口服液，它的制剂成分里含有酒精，也就是乙醇。因此，在同时使用抗菌药物的时候，尤其是在服用头孢菌素这样的药物的时候容易发生戒酒硫样反应，产生面部潮红、心率增快这样的不良反应，同样类似的药物不能够使用的还有环丙沙星、甲硝唑等等。
由于藿香正气口服液中含有生半夏，所以在中药十八反，也就是十八反的禁忌之中，含有草乌、乌头这样药物的中药，比如豹骨成方中的豹骨活络油，还有安阳固本膏等含有草乌和制乌头成分的成药，都不可以和藿香正气口服液同时使用。而且，用药时间不应该同时服用滋补性的中药，比如阿胶、人参等等。
由于含有生半夏，所以不适合过量或者长期服用。对于儿童，以及妊娠期妇女和哺乳期妇女都应该慎用。同时，用药期间应该禁烟酒和辛辣、生冷、油腻的食物，这些和其它的中药服用的时候忌口相同。