扁桃体发炎的原因很多，包括感染因素、免疫因素、邻近器官的急性炎症等，细菌和病毒积存于扁桃体腺窝内引起疾病。扁桃体炎还可以继发于某些急性传染病，比如猩红热、麻疹、流感等。
基本因素有感染因素，急性扁桃体炎主要致病菌为乙型溶血性链球菌，常见的其他细菌有肺炎链球菌、葡萄球菌，病毒感染有腺病毒、流感病毒等，感染以后都可以引起急性扁桃体炎，细菌和病毒混合感染比较多见。免疫因素，当全身或者局部免疫力低下时也可以使得病原菌大量繁殖，引起此病。邻近器官的急性炎症，如急性咽炎、鼻炎，都可以经过蔓延而引起扁桃体发炎。