苄星青霉素对于梅毒的治愈率总体来讲还是很高的，有研究表明，对于一些早期的没有太多合并症的梅毒，规范使用苄型青霉素治疗，治愈率至少可以达到90%以上。这是由于梅毒螺旋体对于青霉素是高度敏感的，至今都没有出现耐药的现象，所以只要规范的使用苄星青霉素进行治疗，早期没有合并症的梅毒是有可能被彻底治愈的。
如果患者拖得时间比较久，成了晚期梅毒，已经造成一些不可逆的内脏器官损害，比如心血管梅毒或者中枢神经的梅毒，即使使用苄星青霉素将体内的梅毒螺旋体彻底杀灭，这些不可逆的内脏器官损害也是难以恢复正常的，这个时候治愈率相对来说就是比较低。如果是采取苄星青霉素治疗的不规范，即疗程不够、剂量不足，或者治疗之后没有定期的随访复查梅毒血清抗体的滴度，这些都有增加青霉素驱梅治疗失败的风险。