儿童学校恐怖症患者的治疗首先给予心理治疗和社会治疗，严重者可给予药物治疗，多数患者治疗及康复需要时间较长，对于预防和复发问题，应及时给予患者指导和帮助，还应根据患者的具体情况和需要及时调整治疗方案。
一、一般治疗
1、了解病因以及诱因：了解存在的病因以及诱因，如患者本身的性格特点和在学校有过一些负性经历，以上因素可辅助作为疾病判断的依据，若是可以明确患者的发病是学校的某些因素导致，要及时地使患者远离这些因素。
2、合并症的治疗：儿童学校恐怖症若不能得到及时的治疗，可在成年后常常与其他疾病共病，尤其情感性障碍多见，若出现抑郁障碍后应对其进行长时段的专人看护，避免其出现自伤或者自杀行为。
二、药物治疗
1、选择性5-羟色胺再摄取抑制剂：
（1）艾司西酞普兰是外消旋西酞普兰的左旋对映体，治疗作用相当于西酞普兰明显增强，适用于各种抑郁症或伴惊恐得抑郁症，艾司西酞普兰安全性较强，几乎没有药物配伍禁忌。
（2）帕罗西汀对半焦虑的抑郁症以及惊恐症较合适，停药太快有撤药反应，因此撤药应缓慢进行。
2、苯二氮卓类药物：
（1）氯硝西泮为抗焦虑药和抗癫痫药，被FDA批准的适应症为伴或不伴广泛广场恐惧的惊恐发作。焦虑障碍急性精神病和失眠常见不良反应，包括嗜睡、疲乏、抑郁、头晕、言语迟缓、记忆力下降。不可用于孕妇或哺乳期妇女。
（2）阿普唑仑为抗焦虑药，经FDA批准的适应症为广泛性焦虑障碍、惊恐障碍、抑郁症伴随的焦虑、经前期紧张综合征、肠易激综合征和其他与焦虑有关的躯体症状、失眠、急性躁狂等。治疗短期焦虑症状时，使用几周后即可停用或根据需要继续使用，常见不良反应包括镇静、疲乏、衰弱、抑郁、头晕、记忆力差。
三、手术治疗
本病以药物和心理治疗为主，无手术治疗。
四、心理治疗
1、主要采用认知行为治疗，该疗法是目前最为常用的儿童学校恐怖症的心理治疗方法，主要是指暴露疗法，暴露疗法应从较低焦虑的场景开始，逐步教会患者进行降低焦虑水平的放松训练，且暴露应逐级进行，从诱发焦虑最轻的场景开始。在此期间，家庭和学校都要给予患者相应的支持。
2、学校应了解造成患者发病的主要原因，如同学嘲笑、教师的批评、学习成绩不理想等，积极的消除可能的原因，有助于患者的康复。
3、家庭要对孩子多一点鼓励，少一点苛责，对胆小、细心、忧郁的孩子不宜要求过于严格。正确的对待孩子的学习成绩，改变过严、过急、训斥、打骂的教育方式，帮助孩子克服紧张情绪。家庭成员也要积极的与患者进行沟通，若是原本存在严重的家庭矛盾或者经济问题要尽快改变，避免使患者心理压力过大而导致病情加重。
4、父母应培养孩子的独立性、活动能力和社交能力，利用一切可能的机会让孩子独立活动，避免让孩子养成依赖、被动的性格，当孩子有进步时，应及时给予表扬和奖励。此外，应改变过于溺爱孩子的教育方式，与孩子进行更多的感情交流，营造轻松的家庭教育环境。注意家庭变故对孩子造成的影响，当家庭出现问题时，应该及时与孩子沟通，尽量使孩子理解家长的所作所为。