扁桃体结石如果没有明显的症状，可以不到医院进行清理，扁桃体隐窝的结石有的时候也会自行脱落、排出。如果扁桃体结石的症状比较明显，比如导致咽部的异物感、痒、咳嗽、口腔异味，甚至臭味，自行排出又比较困难，可以到医院让医生帮助挑出。
挑出结石并不能防止它再发，还是会反复发作。因为扁桃体结石主要由于食物的残渣和隐窝内的分泌物聚集形成，所以治疗扁桃体结石需要切除扁桃体，解决发作的原发病灶，这样就能够彻底解决问题。