胃萎缩的治疗包括对症治疗和对因治疗。在治疗方式上，主要以药物治疗为主，尽早治疗对于缓解患者的症状和避免疾病进展具有很重要的意义。
一、一般治疗
患者需要保持精神状态的稳定，对于精神心理状态不稳定的患者，可以在医生指导下使用抗抑郁药物。
二、药物治疗
1、对症治疗：根据患者目前存在的症状，使用药物以达到消除症状的目的。
（1）质子泵抑制剂：患者以反酸、腹部不适为主要症状者，可以使用质子泵抑制剂，如奥美拉唑、兰索拉唑等进行抑酸治疗。
（2）促胃动力药物：患者以腹胀、消化不良、胃肠动力紊乱为主要症状者，可以使用多潘立酮等促胃动力药物缓解症状。
2、对因治疗：
（1）含有铋剂的四联方案：目前倡导的抗幽门螺旋杆菌治疗联合方案为含有铋剂的四联方案，即1种质子泵抑制剂，如奥美拉唑等；加2种抗生素，如甲硝唑、克拉霉素等；再加1种铋剂，如果胶铋等。由于各地抗生素耐药情况不同，抗生素及疗程的选择应视当地耐药情况而定。
（2）维生素Ｂ12及复合维生素：患者可以通过长期补充维生素Ｂ12及复合维生素，来补充胃黏膜因子，该药物治疗针对自身免疫原因导致的胃萎缩。
三、手术治疗
该疾病一般无需手术治疗。
四、中医治疗
患者可以选择中医治疗，根据患者的具体情况，辨证施治，中成药可以考虑使用养胃舒胶囊、胃苏颗粒、香砂养胃丸等方剂。
五、其他治疗
对于伴有胃动力障碍的患者，还可以使用针灸进行治疗。