金匮肾气丸可以温补肾阳、化气行水，主要针对于肾虚水肿、腰膝酸软、小便不利、胃寒肢冷等症状。五子衍宗丸具有补肾益精之功效，主要针对于肾虚精亏所致的阳痿不育、遗精、早泄、腰痛、尿后余沥等症状，两者针对治疗的疾病不一样，一般在一起服用的几率比较小。
但是，临床中也有同时服用的情况，比如肾阳、肾气亏虚所导致的滑精、遗精，或者阳气亏损到一定程度导致阴阳两虚，可以在服用金匮肾气丸的基础上配合服用五子衍宗丸。建议患者在用药前要咨询专业的医生，不要盲目的服用药物。