扁平疣变成褐色的，主要是由于扁平疣的病变，影响到了局部皮肤黑色素细胞的功能，导致黑色素生成增多而引起。扁平疣是由人乳头瘤病毒感染所引起的病毒性皮肤病，乳头瘤病毒主要就是感染皮肤表皮细胞，引起表皮细胞增生，形成疣状的病变。病毒感染对邻近皮肤当中黑色素细胞的功能必然会产生影响，同时病变组织、人体的免疫炎症反应，同样也可以刺激局部黑色素细胞，生成较多的黑色素，这两者都可引起皮肤黑色素增加，导致扁平疣颜色加深。如果扁平疣中的病毒增生比较活跃，这些黑色素就比较容易向上排出，扁平疣的颜色往往比较淡。如果局部的扁平疣病变，表皮增生的速度减缓，表皮中就可以携带更多的黑色素，局部的颜色就会加深。