腺病毒感染治疗常用的药物有西多福韦、利巴韦林、聚乙二醇干扰素α等。
1、西多福韦：为广谱抗病毒药物，静脉用药有良好的耐受性；主要毒性为中毒性肾损害，其他不良反应为中性粒细胞减少和外周神经病。
2、利巴韦林：为广谱抗病毒药物，静脉或口服给药后主要的不良反应有溶血性贫血、血红蛋白减低及贫血、乏力等，停药后可消失。较少见的不良反应有疲倦、头痛、失眠以及食欲减退、恶心等，多见于应用大剂量者。
3、聚乙二醇干扰素α：具有抗病毒、免疫调节及抗增殖的多重作用，抑制病毒增殖，最为常见（≥10%的患者）的不良反应包括注射部位疼痛、炎症、疲乏感、寒战、发热、压抑感、关节痛、恶心、脱发、骨骼肌疼痛。