单侧肾缺如属于泌尿系统先天发育异常性疾病，发病机制尚不清楚，可能是遗传因素及环境因素共同参与发病。
1、遗传因素：研究发现先天性肾脏畸形患儿可能存在基因异常。
2、环境因素：
（1）妊娠期间使用导致胎儿肾脏发育畸形的药物，如在妊娠早期因偏头痛服用麦角胺，可能导致胎儿肾缺如等。
（2）孕妇维生素、微量元素等多种维生素及微量元素缺乏。
3、糖尿病：高血糖环境对肾脏结构的发育不利，孕母患有糖尿病可导致胎儿肾缺如的风险增加。
4、胎盘和绒毛膜异常：当胎盘功能不良时，将严重影响胎儿及体内各脏器的发育，并且导致出生低质量胎儿。
5、人工辅助生殖技术：人工辅助生殖技术导致先天性泌尿系畸形增加的原因，可能涉及妊娠多胎及促进排卵药物的应用。Sunderam等发现人工辅助生殖技术可使孕妇多胎妊娠的概率增加，而多胎妊娠可导致胎儿低出生体质量及出生缺陷的风险增加，而低质量的患儿先天性肾小球数量减少和胎儿肾脏偏小的风险增加。
6、烟酒：孕期饮酒及吸烟均可影响胎儿肾脏的发育，导致肾缺如等肾脏发育畸形风险增加。