原发化脓性感染的治疗应遵循处理原发感染灶、早期正确应用抗生素、积极支持治疗、提高抵抗力的原则，妥善而有利的对症治疗。
一、药物治疗
1、初步考虑为脓毒症，病原菌不确定时，可先选用兼顾革兰阳性菌和革兰阴性菌的抗菌谱较广的药物。
2、诊断已基本确定，病原菌无法在短期内查明，可选择适当的强效抗菌药物。针对革兰阳性菌，可以考虑使用利奈唑胺、万古霉素；针对革兰阴性菌，可以考虑使用碳青霉烯类药物等等，待病情平稳后采用抗菌药降阶梯治疗。
3、若患者出现高热、寒战等应及时进行退热治疗，可选用布洛芬、对乙酰氨基酚等，以免高热引起心律失常。
二、手术治疗
化脓性病灶不论原发性或迁徙性，均应在使用适当、足量抗生素的基础上及时行穿刺或切开引流。胆道及泌尿道感染有梗阻时，应考虑手术治疗。