脐窦是卵黄管退化不全的先天性发育畸形，卵黄管是在胚胎的时候供应胎儿营养的器官，一头连着母体，另一头通过脐部连同胎儿，在胚胎早期提供营养。在胚胎后期，是脐动脉、脐静脉供血。有些胎儿在胚胎早期的时候，卵黄管没有退化全，就会引起一系列疾病，脐窦是其中一种。
卵黄管退化不全，最严重的是脐肠瘘，就是肚脐眼与肠子相通，会造成肠子内容物从肚子跑出，肠液或者大便从肚脐眼跑出。轻一点的是脐囊肿，卵黄管是一头闭合了，一头没有闭合，就会形成脐部的囊肿。再轻一点就是脐窦，其与肚脐外面相通，里面是一个管道，其与肠管不相通，里面会有一些分泌物，会引起继发感染。更轻的就是脐茸，只剩下一个脐部的肉芽。