男性肾痛和腰痛的区别，通常要参考以下疼痛的原因、表现，以及对治疗的反应：
1、疼痛的原因、表现：男性的腰痛通常是肌肉的疼痛，往往有原因存在，比如存在腰肌劳损，或者常保持固定姿势、劳累等，疼痛一般以酸痛、钝痛为主，肾痛持续时间比较长，可能是隐痛、胀痛，也可能是刺痛、锐痛和绞痛，往往是肾局部的肌肉，关节和筋膜所导致，肾脏原因导致的疼痛通常包括肾囊肿、肾肿瘤、肾结石、肾盂肾炎、肾脓肿等。
2、对治疗的反应：腰痛一般应用非甾体类抗炎药效果比较好，病人吃了药之后疼痛会很快停止。如果是肾痛，一般非甾体抗炎药的效果并没有那么好，大部分病人可能应用解痉的药物，像盐酸黄酮哌酯或者654-2类药物效果比较好。
一般肾痛和腰痛的区别主要是参照以上的两点来进行区别。