摩根菌肺炎的治疗主要是消除诱因，选择敏感的抗菌药物，根据病人的临床症状，对症治疗。
一、药物治疗
1、庆大霉素：庆大霉素属氨基糖苷类抗生素，可以抑制敏感菌的蛋白质合成，从而起到抗感染的作用。不良反应主要有耳毒性、肾毒性、皮疹等。脱水、重症肌无力或帕金森病、肾功能损害及溃疡性结肠炎患者慎用。
2、头孢西丁：主要通过抑制细菌细胞壁的合成而发挥抗菌作用。不良反应有胃肠道反应，如腹痛、腹泻、恶心、呕吐等，过敏反应，如皮疹、荨麻疹、呼吸困难、血管神经性水肿等。
3、替卡西林：替卡西林为半合成的抗假单胞菌青霉素，对于严重的革兰阴性菌感染特别有效。用药之前需要做皮试，副作用是对肾功能有损害、过敏性休克、红斑性皮疹。对青霉素过敏者禁用。
二、手术治疗
本病通常不需要手术治疗。
三、其他治疗
对症治疗，高热患者可用解热镇痛类药物；咳嗽咳痰的患者可用祛痰剂，如盐酸氨溴索等；呼吸困难者给与吸氧治疗；有脓胸时行胸腔闭式引流，并注入有效的抗生素。