由于脂肪栓塞综合征的症状表现较多，涉及范围较广，且没有特别有效的药物进行针对性溶解脂肪栓子，因此一般治疗为对症支持治疗。当呼吸系统症状表现较为严重时，以止咳、化痰、平喘为治疗原则，应用糖皮质激素类药物配合控制。当皮下症状为主时，不需要药物治疗也可以在短时间内自愈。当神经系统症状为主时，需要对症进行营养神经治疗，改善症状且降低后期的致残率是主要的治疗目标。
一、一般治疗
1、呼吸治疗：呼吸支持治疗是基本治疗方法，使用鼻导管或面罩给氧，同时进行动脉氧分压和肺部X线监测，使血氧分压维持在70mmHg以上。若血氧分压持续低于60mmHg或进行性呼吸困难，给予气管插管和机械通气。
2、支持疗法：加强营养支持，及早给予肠内营养，维持足够的血容量，纠正贫血。
二、药物治疗
1、低分子右旋糖酐：低分子右旋糖酐为血容量扩充剂的典型代表，滴注后可提高血浆的胶体渗透压，改善微循环，同时也能防止血栓的形成和扩大。
2、地塞米松：地塞米松为皮质激素类的代表，当发生严重的呼吸系统疾病时，可配合止咳化痰药物进行肺部症状的改善，同时也能促进肺部阴影的吸收和治疗。
3、人血白蛋白：人血白蛋白作为临床当中常用的神经系统营养药物，在防止脑水肿和休克，改善神经系统症状以及呼吸窘迫等相关疾病上有着很好的辅助治疗功效。
4、烟酸注射液：烟酸注射液可以抑制脂肪分解，降低游离脂肪酸，扩张血管，改善微循环，减少肺血管中的脂肪栓子，抑制血小板聚集。
5、肝素：肝素可以有助于刺激脂肪酶的活性，减少脂肪的聚集，同时有抗凝和改善微循环的作用。
三、手术治疗
本病一般无需手术治疗。
四、其他治疗
脑保护治疗：注意脑功能保护，可使用甘露醇等脱水剂治疗脑水肿，使用尼莫地平扩张脑血管，保护脑神经。