临床上导致肾积水的常见原因有先天的因素和后天的疾病，先天的因素主要是肾盂、输尿管连接处狭窄导致肾积水，往往在儿童时期发现，随着年龄的增长或者合并感染积水会更加明显。
后天的因素主要见于肾结石、输尿管结石，以及前列腺增生等，都会导致肾积水，一些糖尿病患者出现了神经源性膀胱也会引起肾积水。在截瘫、脊柱损伤后使供应膀胱和输尿管的神经发生病变，蠕动减慢，导致肾积水，肾积水还可能是膀胱的肿瘤压迫输尿管的出口导致的。