皮脂腺囊肿可以和皮样囊肿、表皮样囊肿以及皮下脂肪瘤等疾病相鉴别。
1、皮样囊肿：是一种由偏离原位的皮肤细胞原基形成的先天性囊肿，位于皮下，不与皮肤粘连，但与基底部组织粘连甚紧，常在身体中线附近，好发于眼眶周围，鼻根，枕部及口底等处，属错构瘤。
2、表皮样囊肿：是一种真皮内含有角质的囊肿，多因外伤将表皮植入真皮而成，肿物表面常有角质增生，好发于手及足踝等易受外伤和压迫的部位。
3、皮下脂肪瘤：脂肪瘤呈扁平分叶状，位于皮下，用手指沿肿物两侧相向推挤局部皮肤，可出现橘皮样征。