晶状体源性青光眼的发病机制较多，如先天性球形晶状体、遗传性疾病、眼部的外伤、白内障、晶状体脱位、眼部的手术等都可造成不同机制眼压升高，进而导致青光眼，好发于眼外伤、先天球形晶状体等人群。
1、球形晶状体：是一种先天异常，表现为晶状体呈球形改变，导致瞳孔阻滞及房角关闭。
2、遗传性疾病：
（1）剥脱综合征：为一种遗传性疾病，可有一种蓝白色或灰白色的纤维丝样物质沉淀，阻塞小梁网引起小梁功能减退，导致眼压升高，进而导致青光眼。
（2）高胱氨酸尿症：长指-晶状体半脱位综合征、短指-晶状体半脱位综合征、无虹膜先天性扁平角膜等可造成晶状体悬韧带发育不全或松弛无力，从而致晶状体脱位，引起眼压升高。
3、眼部外伤：如眼球钝挫伤或穿通伤可导致晶状体脱位、外伤性白内障等，造成眼压升高，从而引起包括晶状体膨胀所致青光眼，晶状体脱位所致青光眼，晶状体溶解性青光眼，晶状体颗粒性青光眼，晶状体蛋白过敏性青光眼等晶状体源性青光眼。
4、白内障：
（1）老年性白内障的膨胀期在发展过程中会导致以下两种情况：
（1）晶状体肿胀体积增大，前房变浅，房角变窄以致关闭，房水外流不畅。
（2）由于晶状体前移，加重了生理性瞳孔阻滞，房水外流不畅，引起房水在眼内积聚，眼压增高。
（2）过熟期白内障是晶状体溶解性青光眼发生的主要原因：①晶状体囊膜渗透性增加或自发破裂，液化的晶状体皮质进入房水，被巨噬细胞吞噬，从而阻塞小梁网，导致眼压升高。②可溶性晶状体蛋白直接阻塞房水排出通道，最终导致眼压升高。
5、晶状体脱位：如眼内炎、高度近视、先天性青光眼、眼内肿瘤等均可引起晶状体脱位，引起眼压升高，导致青光眼。
6、眼部手术：如白内障囊外摘除手术、超声乳化白内障吸除术后，可能出现晶状体颗粒性青光眼、晶状体蛋白过敏性青光眼等。