小儿细菌感染性口炎的总体治疗为长期持续性治疗，主要以药物治疗为主，同时配合局部用药控制口腔黏膜的溃烂，一般不需要手术治疗，其他治疗主要是服用维生素C和提高免疫力。
一、一般治疗
对拒绝进食、水的患儿应该静脉输液，给与抗生素和需要的液体量。
二、药物治疗
1、银翘散：这是具有清热解毒作用的中成药，在小儿细菌感染性口炎的治疗中应用较为广泛，可有效缓解患儿的口腔、咽部疼痛症状，适用于口腔和咽部疼痛较为剧烈的人群，无明显禁服人群。
2、头孢呋辛：主要针对肺部感染进行治疗，是具有代表性的二代头孢药物，覆盖的细菌范围较为广泛，能有效杀灭相关致病菌，适用于本病大部分患者，头孢呋辛过敏人群禁用。
3、普鲁卡因：主要作用是止痛，是含有麻药成分的药物，因此一定要在医生指导下使用，对于疼痛表现较为明显的患者比较适用，对于本药过敏患者禁服。
4、盐酸氨溴索：是临床当中常用的祛痰剂，对于并发肺部感染的患儿要进行祛痰治疗，改善呼吸状况，控制肺部感染，对于呼吸道症状明显的患者适用，无明显禁服人群。
三、手术治疗
本病无明显的手术指征，一般不需要手术治疗。
四、其他治疗
主要以服用维生素C和提高免疫力为主，可以给患儿口服维生素C片，也可通过饮食调理来增加维生素的摄入，同时规律晒太阳，适当户外活动，可有效提高孩子的免疫力，促进疾病的恢复。