十二指肠溃疡主要表现为上腹部反复的疼痛，一般可呈钝痛、烧灼样痛，有时可呈胀痛。
疼痛一般发作为秋冬季或是冬春之际，大部分情况下疼痛常出现在餐前或者是感到饥饿时，有时也会出现夜间疼痛，即在夜间的十一点到凌两点之间出现明显的疼痛，这时是由于胃酸分泌增多而引起的。
部分患者上腹部可有轻压痛，但一般没有反跳痛及肌紧张。如果溃疡部位位于十二指肠球部后壁时，还可疼痛向后背部出现放散，严重的十二指肠溃疡还可以出现反酸、呕吐，甚至溃疡导致出血，有时还会出现呕血和黑便的症状。
当溃疡长期存在时，会导致患者消化不良，而出现体重减轻，有时该症状与胃溃疡不易相鉴别，可以通过查胃镜来进行明确。