慢性结肠炎的病因不同，治疗也是不同的。如果慢性结肠炎是由于细菌或者寄生虫所引起，积极的抗菌治疗以及根除寄生虫，才能有效的缓解症状。如果慢性结肠炎，是由于溃疡性结肠炎所导致，症状是腹痛、腹泻、伴有黏液血便，治疗应该是有特异性的。首先在疾病的急性期，根据疾病的轻、中、重度选用不同的药物，轻度的患者可以直接选用美沙拉嗪进行诱导，并且持续的维持治疗。
对于中到重度的患者，可能需要用糖皮质激素口服，或者静点来诱导其症状的缓解。如果糖皮质激素无效，有可能要用生物制剂，或者是免疫抑制剂，帮助诱导缓解。症状改善以后药也不能停，可能还需要用美沙拉嗪或者免疫抑制剂等维持治疗。一旦诊断为溃疡性结肠炎，治疗是一个慢性的系统的过程，初发患者至少治疗3-5年，才有停药的可能，部分反复发作的患者，甚至需要终身服药。