排尿的时候有刺痛感最常见的原因可能就是尿路感染，但尿路感染不代表就是只有尿道炎，有可能还有膀胱炎、输尿管炎甚至肾盂肾炎。从性别上来说，这两种感染有不同，男性尿路感染比较少见，最常见的就是尿道炎。
疼的原因其实是由于细菌感染后分泌物刺激黏膜引起的。除了疼之外还会合并有黏膜出血，可能还会伴有血尿，这种表现女性更为常见，因为女性一般是膀胱炎，尿道比较短，所以除了刺痛之外可能还会伴有尿频、尿急症状。
临床上称尿频、尿急、尿痛为三联征，也叫做膀胱刺激征，所以有了膀胱炎，这三个表现都会比较明显。有的时候结石卡在输尿管末端，刺激膀胱也会有尿频、尿急、尿痛的三联征，所以排尿刺痛，如果查尿常规发现并没有感染，还要考虑有没有结石的因素。