急性肠胃炎的药物治疗包括对因治疗和对症治疗，对因治疗就是明确引起急性肠胃炎的原因，对它的病因进行积极的治疗，如果急性肠胃炎是细菌感染所导致，抗生素的运用是非常有效的。
如果急性肠胃炎是病毒感染所引起，那病毒感染更多的是休息，部分的患者有自愈的倾向，还有对症治疗，急性肠胃炎患者可以出现恶心、呕吐，这时候可以给予多潘立酮来进行止吐治疗。急性肠胃炎的患者如果出现明显的腹痛症状，肠鸣音加重，这时候也可以给予匹维溴铵来缓解肠道痉挛的症状。急性肠胃炎如果是以腹泻严重，这时候可以给予止泻药，如蒙脱石散，要注意急性肠胃炎，如果严重的可以导致脱水的症状，所以轻度的患者可以给予口服补液盐，如果重度的患者可能需要进行静脉点滴来维持水分和电解质的平衡。