嘴上长水疱的原因有以下两种：
1、单纯疱疹病毒感染导致的单纯疱疹，其在人群里面很常见。一旦人体感染这种病毒，人体无法将它清除。当人体抵抗力高的时候就潜伏在人体里面，抵抗力低的时候像熬夜、劳累、上火等都容易导致人体抵抗力低，单纯疱疹病毒就出来活动，具体表现为嘴巴出现水疱。这种情况引起的水疱，可以擦阿昔洛韦软膏。同时注意好好休息，大约1-2周的时间疱疹会自己消退，重新进入潜伏期。
2、少数的嘴巴水疱是因为体内缺少维生素导致，尤其是缺少维生素B2等。都是挑食、偏食或者有其他疾病导致维生素吸收不够，这种原因导致的嘴唇水疱不容易痊愈，而且容易频繁发作，可以吃复合维生素片。假如水疱长期不好，还是尽早去医院就诊并明确病因比较好。